艾丽斯和她的特遣队有3个小时来完成他们的任务，否则这些僵尸们将泛滥成灾，对整个地球构成威胁。为了接近红色女皇，小队成员必须在这个象蜂巢一样的迷宫里，穿过一连串一个比一个恐怖的障碍。其中包括致命的激光、异型犬爪和一个巨大的样品屋，在这个样品屋里艾丽斯见识到了保护伞公司导致这场危机的邪恶研究成果。艾丽斯也很快发现了这些僵尸是该公司的一项最新的研究方案----变种T-病毒造成的结果。
　　T-病毒最初的设计方案是抗衰老、治疗神经方面的疾病，它具有激活死亡细胞的能力。艾丽斯意识到这肯定是一个神秘的破坏者偷走了这个病毒，并把它释放到“蜂巢”的空气中。这就是危机的爆发经过。谁会做这事呢？为什么要这样做？
　　面对这个巨型计算机，雷恩假意请红色女皇帮助他们。红色女皇同意了，但是坚持那些被感染的人一个也不允许逃走。当然，除非他们能首先找到克制这个病毒的反病毒。他们的有效办法就是利用遗传上的变种试验，也就是利用现在能摧毁所有僵尸的著名邪恶生物----"舔食者"(Licker)。"舔食者"每杀死一个人，他的力量就会增加，也使特遣队的工作更加危险。
　　特遣队能够及时打败红色女皇，在规定的时间内找到反病毒吗？或者，他们是否也会变成僵尸呢？如果能有人活着逃出邪恶“蜂巢”的话，会是谁？