辽阔的草原上, 一栋原木屋面对着希腊圣域。 在那地板上， 有个坐着轮椅的少年...他就是因和冥王哈迪斯激战而失去力量的星矢。 三个影子悄悄潜近如今已无法自由行动及说话，宛如失去灵魂的空壳子的星矢身边。 斗马、奥德修斯（Odysseus）、特修斯（Thseus）、 他们三人是受雅典娜的姐姐----奥林匹斯十二主神之月神阿尔特弥斯（Artemis）的命令， 前来埋葬星矢的天斗士。

　　当正要给星矢致命的一击时，沙织阻挡在前方。 看到这样的沙织，阿尔特弥斯悲叹道：为何要庇护仇视神祇的人类呢？即便如此仍是想守护星矢的沙织宁愿舍弃雅典娜的地位，并把大地交给阿尔特弥斯，以做为拯救星矢的交换条件。

　　“为什么要救这种家伙...”阿尔特弥斯所派遣的斗马无法理解沙织的心情。接着， 沙织把作为雅典娜力量及圣域支配者的象征的权杖交给了阿尔特弥斯后， 就失去了力量。

　　现在，得到大地支配权的阿尔特弥斯打算毁灭忘记神，自私自利的污秽人类。而另一方面，选择拯救青铜之命而非拯救大地的沙织在赎罪之泉想流出自己的鲜血以守护大地。人类守护世界的时代就要结束了吗？... 这时，应该无法动弹的星矢居然动了动手指！感受不到雅典娜气息的星矢于是向圣域方向爬去...

　　这个时候，身在西伯利亚的冰河，中国五老峰的紫龙，瞬及一辉都感受到雅典娜的危机，而赶赴圣域。当他们抵达时，却被在阿尔特弥斯支配下已彻底改变的圣域所震惊了。此时天斗士出现了，青铜VS天斗士的壮烈战斗随即展开。星矢虽然已奄奄一息，仍是向着沙织的身边前进。为了支援星矢，圣斗士们已伤痕累累。但真正的敌人并非天斗士，在此之前， 阿尔特弥斯和雅典娜之兄----奥林匹斯十二神之一的太阳神阿波罗在等待着... 到底，星矢他们能战胜神吗？！

　　圣斗士啊！将五个小宇宙合而为一，以强韧的力量引发奇迹吧！！