位于日本某处的偏僻乡村--霞高原町，通称“霞之村落”。在这里有一所培养女忍者的养成学校“私立志能备学园”。
为了成为杰出女忍者的女孩们从全国聚集而来，每天都在这里进行着学习和训练，当然“霞之村落”的人们都是这所学校的毕业生。
某天，在这个一成不变的村子里，有一个女孩和一个男性造访了这里。憧憬着女忍的生活，仰慕着“市川电蔵”老师。为了成为女忍而入学“私立志能备学园”来到这里的普通女孩日向葵。以及为了逃避债主而来到这里担当老师的万里小路ハヤト。他们两人的到来是必然还是偶然？充满欢笑，挫折，悲伤，成长的忍者物语开始了......