在经历长久的血腥战斗后，来到和平的这个时代。在「ZOIDS BATTLE」－「机 兽格斗赛」中，能将巨大的机兽操作自如，展现华丽的战斗竞技的这些战士们 ，被称为「ZI强者」，被众人所憧憬崇拜。「ZI强者」画分为许多联盟，主角 ＲＤ，是隶属于「极速风暴」，操作着父亲遗留下来机兽的ZI强者之一，梦想 着未来能有一天，找出父亲对他提过的传说中的机兽…。然而，异军突起的特拉伦斯，才刚上场就击败了蔚蓝之都的冠军队伍黑洞效应 ，原因就是他们拥有合体的技术，进而发挥了相当强大的力量…。但是，他们 的真正目的，并非在于击败冠军队，而是冲着极速风暴的ＲＤ而来…。而且幕 后的黑手，就是破坏榔头的珊朵拉一行人…。ＲＤ他们可以从这场突如其来的 风暴中，全身而退吗…？