高中生侦探工藤新一一次在与青梅竹马的毛利兰去游乐园游玩时，途中发现了两个诡异的黑衣人。新一跟踪其中一个直至地下交易现场，但由于太过专注，没有察觉另一个黑衣人从后面一棒打下。之后，他被黑衣人强迫灌下一种名为“APTX-4869”的神秘毒药，身体回到发育期的孩童状态。要是黑衣人知道工藤新一还活着，必将使周围的亲人好友的生命受到威胁，于是新一化名为“江户川柯南”寄住在父亲毛利小五郎是侦探的兰家。他一直在寻找黑衣人的下落，希望有朝一日变回原来的样子，消灭黑衣组织。