这个故事有着一个并不鲜见的背景：十年前，东京内突然出现了一处不能解析的领域。从那里走出的人们受到了异现象影响，获得了操控生杀大权的超能力，却永远失却了作为人类的梦与心。那块神秘的属地被称为地狱门，从中走出的异能者被称为契约者。
　　从此，苍穹被异现象重新构建，皓月消失，星辰移位，夜空成为了契约者们的谱系，标识着他们的行动与消亡。与星辰签订契约的那群夜行者，则需以某种精神束缚行为为代价，做出违背人类本性的事情，用以交换超能力，否则便会丧失全部心智，沦为无心灵媒体DOLL。一切异象的出现都是难以用科学解答的谜题，契约者的存在在民众面前被当成秘密掩盖。曾有学者小分队进入过地狱门内调查，最终却只有一人生还归来。国际各大机构对其重视不已，日本的警视厅、英国的MI6、美国的CIA都在紧锣密鼓地进行着地狱门的调查研究，甚至还有个超越国界的庞大组织潘多拉，动用着凌驾于任何超能的力量，妄图消除所有契约者。了解到组织目的的契约者们缔结了EPR（月见草），默默与之对抗。就好像世界上绝不会有并存的星空，人类与契约者间势必会有一场存亡之战。
　　故事从接受“组织”的命令开始执行任务的契约者黑为轴心展开。而东京表面上看去仍然一尘不变，但是在东京的里侧由地狱之门创造的迷一般的领域，各国的谍报机关正利用着“契约者”展开炽烈的谍报战。主人公黑以中国留学生李舜生的身份游走于东京的各个街道，身位组织暗部的一员，在执行严苛的任务时赢得了“黑之死神”之名。而与黑同一小组的还有憎恨着契约者的人类黄，能够附身于动物但失去肉体的猫，能放出水中移动的观测灵来侦察的DOLL-银。
　　在执行组织任务中黑再次遇到曾经的恋人琥珀，而琥珀的言行愈加充满神秘，似乎背叛之下有着许多难言之隐。为了找到妹妹，黑追踪着琥珀，渐渐的看到混战背后更大的秘密。黑能否找到妹妹呢？人类和契约者的未来会怎样？……