九三年九月二十世纪福克斯首播《X档案》，首集于当年春天开始拍摄。内容为联邦调查局特别探员斯卡琳被调入和另一特别探员摩德一同办理X档案。摩德应其妹萨蔓莎幼年失踪，怀疑是被外星人绑架而对研究外星人产生兴趣，政府高层害怕真相的揭露而又不敢动作过大，于是希望借斯卡琳的科学观点把摩德拉回主流。结果是，斯卡琳也陷入其中而不能自拔。本季内容除了外星人，还有不可解释的自然现象、基因突变的怪兽、古老的咒语与传说。本季结束于X档案的调查被终结。