狮子亚历克斯是丛林之王，哦不！这里的丛林指的是喧嚣的城市丛林，而非茂密的野生丛林。在纽约中央公园里的动物园，他算得上是吸引游客的头号明星。他和最要好的朋友斑马马蒂、长颈鹿梅尔曼和河马格洛丽亚训练有素，各自秀出的看家绝活即便是一招半式都会博得观众欢快的笑声和热烈的掌声。虽说四周有坚固的笼子和高大的围墙照应着，深受纽约市民喜爱的四位动物好朋友的日子过得还是相当的滋润，三餐不愁甚至可以享尽荣华富贵。
　　按说，这样的幸福生活正是许多野生动物向往和追求的。可是，马蒂却偏偏觉得这一切根本不值得留恋，他一直渴望回到老祖先们出生、成长的野生世界。在四只神秘企鹅的教唆下，马蒂开始萌生去意。于是，在企鹅们的帮助下，马蒂悄然逃离动物园，一举踏上探索野生世界的征程。马蒂失踪了！剩下的亚历克斯、梅尔曼和格洛丽亚心急如焚，决定不惜一切代价找到马蒂。三个伙伴也跟着逃出了从未离开过的动物园。搭上地铁，经过中转站，他们终于在终点站找到了马蒂。可惜重逢带来的快乐太短暂了，纽约的警察和消防队员可不管你是野兽兵团还是恐怖分子，只要有胆到纽约来闹，就一并拿下。看样子就知道这几个是打非洲来的，发配回原地。于是，动物们被装进木板箱押上远洋轮船。
　　轮船一路风浪颠簸，令关在箱子里的四只娇生惯养的园中动物叫苦不迭。天降神兵！早有预谋的四只企鹅迅速打翻船员、敲晕船长。失控的轮船被海浪吞没，船上的货物也被海水冲到了岸边的沙滩上。四个土生土长的纽约佬兴奋地挣脱木箱：“外国到了(也就是马达加斯加岛)，我们自由了！”从小到大都有人类的照顾，可是现在他们该如何应付野外生存的新挑战呢？如何亲身体验“野生世界才是真正的丛林”这句话的含义呢？