就讀美空小學三年級生的春風Doremi，一直響望著成為魔女。然而，在一次偶然之下，Doremi來到了一間神秘的店－魔法堂。並揭穿了店主－魔女莉卡的身分，使得魔女莉卡變成魔女青蛙，為了將魔女莉卡變回原本的模樣，Doremi的魔女見習生生活就此展開。但，DoReMi是魔女見習生的身分也被朋友－藤原初貴及至大阪轉學而來的－妹尾愛子發現，兩人也成了魔女見習生。Doremi、初貴、愛子三人並將魔法堂改為Maho堂。開始以賣魔法商品為業，賺取錢買魔法珠。
沒想到，Doremi、初貴、愛子的身分被Doremi的妹妹－春風寶寶發現！連寶寶也變了魔女見習生。某天，偶像明星－瀨川音符轉學來了美空小學，並與Doremi等人同班。音符也揭穿另一位魔女－魔女露卡的身分，成了魔女見習生。並和Doremi等人同樣接受了魔女試。一級測驗，四人一起考試，考試內容與時間和平時的魔女試不同許多。當Doremi等人通過了一級測驗，取得魔女身分時，她們的父母及同學卻發現了Doremi她們的身分！？就在同時，音符使用了最後一次的禁忌魔法－將她們的父母及同學記憶消除，因此音符開始沉睡，一百年後才會醒來......