故事的剧情，是一个登录名叫司的角色（咒纹师）自昏迷中醒来，但是他却无法次这个网路游戏"网世界"中登出。而他一个游戏定中的角色－玛拉的引导下，见到了神秘的少女－奥拉（先兆）。而登录名为蜜蜜尔（重剑士）与熊（剑士），则是因为关心司，而在与他接触的当中，感受到隐藏在"网世界"的巨大改变。另外，以玩家自律组成的自主性团体－红衣骑士团，则是专门在"网世界"中纠察各种违规行为的，对於玛哈这种不可能出现的人物角色，自然是不能容忍，同样的，对与玛哈有过接触的司，一样也抱持著敌意。虽然其精神领袖昴（重斧士）是个合平主义者，但是他们仍主动的对司展开了围捕的行动。故事便是在这些主要的人物互动之下，所串联而成的。　　　
　　在这些人物之中，司是一个无法登出的玩家，没人知道真正的他是男？还是女？司因为不善与人互动，於是就把"网世界"当做是他逃避的场所，只不过到了游戏中，他依然只会逃避。这样的设定，其实也有著讽刺社会现象的意味在。而且，我们在故事中所看到的，都不过是玩家在网路上的分身，并不是玩家本人。整个《骇客时空》，就是在讲一群网路游戏玩家（除了司之外），透过HMD(头罩式视窗)所在玩的游戏。而故事是建立在现实与虚构世界之间的，而故事的两个焦点，一个是与网路传说中「黄昏碑文」有关，另一个焦点则是熊在思考的一件事－RESET後的世界会变得如何？　
　　TV版的《骇客时空》（日文原名：.hack//sign），并不是整个故事的全部。除了TV版的《骇客时空》外，还有GAME与OVA同困贩售的PS2版游戏，共四部作，目前第一部的〔hack//感染扩大〕才出没多久，第二部的〔hack//恶性异变〕也将要准备发行了，另外也还有滨崎达也所画的漫画版〔.hack//黄昏腕轮传说〕，故事设定与发展之庞大可见一斑。