故事背景可以看作和我们的世界平行的一个世界。1945年，太平洋战争结束的时，不知来自何处的谜之生物对人类展开了攻击，他们数量多，性情凶猛，大型的还会产生瘴气，不知从何时起，这些生物被称为幻兽。人类一切抵抗在它们面前失效，人类最后动用了核武器，但除了将自己的国土弄得到处是放射性污染外，没有其他作用。 接着到了1999年，世界已有大半荒废，而人类也开始适应了幻兽的攻击，战斗进入持久战。在战斗机器人HWT和终极炸弹PBE(看效果类似小型黑洞)等兵器投入后，人类终于有了能抵抗幻兽的手段。而日本也在20年前通过了“学生征兵法”，宣布从中学生中挑选合适人员加入少年军。 少年军不同于普通军队，他们是平时学习，一旦有了幻兽警报就出动作战的部队。少年军以班为作战单位，有指导老师负责日常学习和生活，班长负责战斗指挥。在没有战斗的时候，他们看上去和一般学生没什么两样。 第5121部队HWT驾驶员速水厚志所属的就是一个标准的少年军编制的班，除了学习他们还要通过战斗保卫自己的家园。一天，一个新来的转校生——芝川舞从其他部队转入第5121部队。尽管她驾驶HWT技术很好，但脾气却很暴躁，待人态度又很强硬，很难相处。而速水厚志却是个温吞吞的老好人，被女生起了绰号叫“软绵绵”。担任战斗指导的坂本老师很狡猾的把这两个人配置在了一辆双座HWT上，结果第一次模拟训练速水就被芝川舞剥夺了控制权。但在后来的战斗中，两人的配合逐渐默契起来，并开始产生了感情……