《机动战士高达00》第二季是以第一季过去四年之后的世界为故事背景。成长了的刹那·F·清英驾驶着新的高达将再次降临到世界的舞台。围绕着新生的天人以及刹那等高达驾驶员们的全新的战争将会是……？
　　《机动战士高达00》TV版第二季已于2009年3月29日正式完结，最终在片尾给观众们留下了一句【机动战士高达00剧场版2010年公开】
　　的字样，让广大漫迷兴奋不已。现得到的消息称剧场版内容将是以主角刹那一行人乘坐托勒密2号飞向木星而展开，剧情则是围绕人类与外来生命体的对话为主线，具体内容因剧场版还未上映无法详细得知，另外官方称在剧场版中高达会有新的外形，并且会有高质量的精彩打斗场面。第二季结尾时出现了【The Childhood Of Humankind Ends(人类的童年结束)】的字样，也可能在暗示着剧场版中的内容。