在结束了在成都地区的旅行后，小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘，来到了方缘地方，但是在到方缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪……
　　故事再次展开
　　在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方以及到战斗区域旅行。