《圣母在上》改编自女作家今野绪雪的同名小说，描写了一个发生在莉莉安女子学院里女孩和女孩之间暖昧复杂的关系，以其优雅和高贵成为日本“百合”题材的经典之一，其读者也几乎百分之百地全为女性。顺应百合爱好者的呼应，《圣母在上》动画版应运而生，无论是画面、音乐、气氛还是人物造型，可以说是极尽维美华丽之能事。如果看惯了无数帅哥围着傻女孩转的快餐少女动漫，不妨来到莉莉安女子学院走一走，呼吸那如同百合般清雅华贵的沁人芬芳，听听女孩子们在落满金色枫叶的树下漫步时的窃窃私语吧，毕竟，这里的一切都如此朦胧，如此优雅，如此美丽。
福泽祐巳是在莉莉安女学园里面随处可见的平凡学生，但是意外的惊喜却突然降临在她身上。全校学生憧憬的对象，红蔷薇花蕾——小笠原祥子突然宣布，要跟祐巳缔结为姊妹！故事从此开始.....