上午5时59分，美理终于知道第2次冲击的秘密。
律子对MAGI加上666号防壁，SEELE下令直接强行占据NERV本部设施。上午6时正，5国支部MAGI同时入侵NERV本部，目标在夺取MAGI主系统。
同日，SEELE颁报A-801训令，取消NERV本部所有特权。 战自大队入侵，源渡宣报全员进入第一战斗态势。
第三新东京市遭到N^2爆雷疯狂轰炸，连同天井都市消失。 7时23分23秒，于46通道发现真嗣。美理出发救援。
明日香被运往贰号机，发射上70米深的湖底。 成功救回真嗣，并带真嗣往初号机而去。
明日香觉醒，向战自大队反击。 美理在第6紧急电梯入口被枪击受伤。 美理对真治献出最后一吻，之后真治乘电梯到第7收容处。
约2分钟后，律子意图执行自爆系统，但失败。 2分钟后，贰号机大战EVA量产机。 美理被炸死亡，享年29岁。 律子被源渡枪杀身亡，享年31岁。
源渡意图令ADAM与LILITH融合。
贰号机击败EVA量产机，电源用尽，但被无故飞来的复制朗基奴斯之枪插中头部，明日香惨叫。 贰号机暴走，但再被9枝复制朗基奴斯之枪射中。 EVA量产机再起动，并将贰号机肢解。
初号机自行启动，欲真嗣乘坐其中。朗基奴斯之枪从大气层飞回初号机前。SEELE所谓的“仪式”开始进行。 EVA量产机在初号机身上刻上圣痕。 EVA量产机与初号机形成了Tree of Sephirot。 S^2机关解放，释放高能量爆炸，战自大队全灭。
地下都市回归真实面貌，LILITH之卵，黑之月。
18使徒出现。 零背叛源渡，自行和LILITH融合，源渡失去右手。
EVA量产机与零同化。真嗣心理图混乱。初号机与朗基奴斯之枪同化，形成生命之树。反AT力场增大，生物已无法保持形态。
补完计划最后阶段。 灵魂之屋开启，全人类形体化成LCL。 真嗣放弃补完计划，走出第十八使徒。最后，地球出现生命之海。只剩下真嗣和明日香存活于世。



第十七使徒被消灭后，NERV的工作似乎已经结束，各个部门的职员们正在祥和的气氛中谈论以后的去向。这时，NERV本部突然遭到了战略自卫队（后简称战自）的袭击。原来战自得到消息称NERV企图引发“第三次浩劫”，于是他们标榜着“保护全人类”的口号对NERV的工作人员进行了惨无人道的大屠杀。
杀死了渚薰以后，碇真嗣无法再振作起来，整天沉浸在痛苦的思考中，无心去应付战自以及来自人类补完委员会的EVA量产机的攻击……
精神崩溃了的明日香失去了生存的意志，但当受到战自的威胁、生命危在旦夕的瞬间，她感受到了EVA机中母亲的存在，并在驾驶舱内见到了母亲的笑颜。突破了心之障碍的明日香觉醒过来，与战自以及EVA量产机展开了殊死的战斗……

为了与碇唯再会而被制造出来的绫波丽，在与碇源堂约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。无论是作为容纳碇唯灵魂的容器或是“人类补完计划”的道具，她的命运也会就此结束（再生？），而已感到自我灵魂存在的丽的抉择是……
在战自的攻击之下，葛城美里不但要完成加持良治未完成的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护真嗣与明日香以及防备Seele 对初号机与二号机的物理接触，她的忙碌直至被战自的流弹击中为止。
出于对碇源堂的憎恨，赤木律子接受了Seele引爆MAGI的提案，但拥有赤木尚子思维方式的MAGI选择了碇源堂而放弃了自己的女儿，拒绝了自爆的提议。之后，律子被源堂射杀……
根据《死海文书》所记载，十数年后一定会引起第三次浩劫，Seele需要所有的EVA去完成《人类补完计划》。他们一方面告知战自NERV企图引发第三次浩劫，挑动战自攻击NERV，另一方面指挥量产机与EVA作战。Seele使用如此残虐的手段，其目的是——改变人类物质存在方式的通过仪式。
长期与Seele共事的碇源堂、冬月幸增、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，将人类引导入“新的世界”而酝酿了他们自己的“人类补完计划”。碇唯于2004年作为“被试验者”在试验中消失，十年后，源堂与冬月希望通过丽与莉莉斯的融合去补完人类，但在那之前，源堂希望能与碇唯相聚……
“人类补完计划”实行——除真嗣与明日香之外，全人类失去了物质形态与绝对领域，融合成了一个整体。