1964年，纽约布朗克斯区，圣尼古拉斯天主学校。长久以来，这所学校都由修女阿洛伊修斯·贝维尔(梅丽尔·斯特里普饰)尽忠尽职地掌管，她相信纪律与恐惧的力量，并制定了严格的教条使得在这里上学的孩子──大部分都来自信教已久的天主教徒家庭──能够接受良好的教育，培养虔诚的心态。
　　但是这一切都在一名充满魅力，名叫布伦丹·弗林的神父(菲利普·塞默·霍夫曼饰)到来后改变了。他提倡以轻松的氛围来教育孩子，而这是阿洛伊修斯修女完全不能接受的。不久，政治变革的风也吹到了森严的这里，圣尼古拉斯天主学校接收了有史以来的第一位黑人学生。弗林神父似乎对这个黑人小男孩情有独钟，而这一切，又都被修女雅各(艾米·亚当斯饰)看在眼里。当这名充满希望的纯洁少女把所见所闻与心中的怀疑都告诉了校长阿洛伊修斯后，阿洛伊修斯修女开始了一场关于真相的调查，并想借此把弗林神父逐出学校。
　　现在，没有一丝一毫的证据，只靠她坚信弗林有罪的信念，阿洛伊修斯修女与弗林神父卷入了一场没有硝烟的战争，而弗林神父更声称将不惜一切代价将这个平静的社区搞得四分五裂。到底弗林神父有没有罪？是不是阿洛伊修斯修女对学生的保护太过份了？而她又该如何深入学校的体制，发现隐藏着的秘密呢？