剧情简介

　　
　　故事开场紧接着第一集的结尾，“金刚狼”罗根为了找回自己过去的记忆离开了X教授的学校，隐姓埋名前往艾卡里湖(Akali Lake)工业中心；另一边，人类议会正忙于重建在变种人大战中受到重创的自由女神像；万磁王则继续在X教授精心打造的塑料监狱中服刑。从表面上看这个世界似乎渐渐回复了正常，但是X战警们没有察觉到，在这个世界的黑暗深处，新的阴谋正在悄悄临近。
　　对于变种人来说，平静的日子并从来都难以长久。在一次针对美国总统的惊天刺杀行动中，具有瞬间移动和隐性能力的新类型变种人--蓝魔鬼(Nightcrawler)的现身，不但再度引起政府和社会上对变种人的抵触情绪，更掀起了一场来势汹汹动机不纯的反变种人运动。在白宫内，一向敌视变种人威廉·史崔克将军与参议员罗伯特·凯利，正与总统筹划展开针对变种人总部X学院的武力行动。而总统身边的助手，秘密化名安妮·瑞诺德斯(Anne Reynolds)的变种人--死亡女，也有着不为人知的秘密打算。
　　X教授这边，金刚狼在艾卡里湖的调查一无所获，只有先返回X学院助阵；而具有操纵火焰能力的新X战警火人(Pyro)登场，也令X战警们士气大振。(不过，火人与X学院中小淘气(Rogue)和冰人(Iceman)之间产生的三角关系，却令老一辈的X战警有些头痛。)集合了力量的X教授希望通过自己的超能力，找到刺杀总统的新类型变种人蓝魔鬼。但是，蓝魔鬼的特殊能力使他散发出的变种人信号非常微弱，连X教授也无法找到他的确切位置，只能模糊地感觉到其人应该身处波士顿附近。
　　为了确认蓝魔鬼的行踪，X教授派出暴风女和琴葛蕾博士，前往波士顿进一步调查。但所有人都没料到，史崔克将军的特种部队抓住机会乘虚而入，发动奇袭重创了X学院，不但放走了万磁王，还逮捕了X学院中的学生并控制住了X教授。在冲突中，金刚狼与史崔克将军的交锋，令金刚狼察觉到史崔克将军与自己过去的记忆有着千丝万缕的关系。但是记忆碎片的冲击却使金刚狼陷入记忆深处的混乱而失去了战斗力，直到小淘气、冰人、和火人赶来相救，才使他得以逃离险境。但是，自以为躲过一劫的X战警们却还没有意识到，史崔克将军的真正目标并不是学院中的学生，而是X教授所使用的，可以找到世界上每一个变种人的X主脑(Cerebro)！
　　史崔克将军的儿子杰森(Jason)也是一名变种人，并曾在X学院中学习，代号“变种人143”，特有的意识操纵能力与X教授颇有渊源。但是，史崔克将军的邪恶野心却妄图利用自己儿子的超能力操纵X教授，控制X主脑来向世界各地的变种人发动脑波攻击。
　　与此同时，金刚狼等人与琴葛蕾博士和暴风女在波士顿汇合，并且成功招募了蓝魔鬼，使X战警的队伍中又多了一名强有力的成员。重获新生的X战警们来到冰人的家中，准备稍作休整。但是，冰人的家人却可耻地背叛了自己的孩子，向政府报警而因此引来了军方的围堵，甚至连X战警乘坐的X战机也被军机击落！就在千钧一发之际，感受到史崔克威胁的万磁王在紧要关头出现，令人意外地出手救下X战警，并且建议X战警与自己展开合作，共同对抗变种人共同的敌人--史崔克。
　　艰苦的大决战到来了，所有的X战警一同驾机奔赴史崔克将军的老巢--坐落在艾卡里湖工业中心的秘密基地。一场空前惨烈的恶仗打响了......