在明朝中叶，皇叔铁胆神侯(刘松仁饰)受先皇之命，创立“护龙山庄”，持“丹书铁券”，“尚方宝剑”，权力凌驾所有朝廷机构。他手下有四大密探：天、地、玄、黄。“天字第一号”段天涯(李亚鹏饰)，冷静沉着，自小由铁胆神侯收养，在东瀛跟随“伊贺派”学得忍术及“幻剑”后，加入“护龙山庄”，武功深不可测。“地字第一号”归海一刀(霍建华饰)，高傲寡言，眉宇间带点忧郁，因少时父亲归海百炼被杀，他矢志要报父仇，刀法天下第一，杀人从不用使第二刀，“玄字第一号”海棠(叶璇饰)，艳如桃李，机智过人，医卜星相，无不通晓，平日却作男装打扮，主持“天下第一庄”，庄内人才济济，掌握天下机密.
而当时朝政被东厂太监总管曹正淳所把持，曹正淳自恃掌管东厂，权倾朝野，结党营私，勾结贪官，无恶不作，因此与神侯誓不两立，时刻找机会铲除护龙山庄。神侯则矢志要“清君侧”，将他伏法以保社稷。
　　时出云国派一男一女高手来中土献妃，其实背后另有阴谋，他们掳走太后，为难朝廷。而成是非也在因缘巧合之下，与皇帝御妹云萝郡主合谋，由他假扮太后，智退出云国高手。云萝郡主与成是非也因此事成为爱侣，可是，成是非出身低微，要娶郡主，无疑是癞虾蟆想食天鹅肉，受群臣反对。成是非愤而出走，惩贪官，杀污吏，云萝郡主亦为了忠于爱情而离宫找成是非，两人携手闯荡江湖，乐也融融。
段天涯在东瀛学武时，本与柳生但马守的女儿柳生雪姬相恋，却遭但马守大力反对，雪姬还为了救天涯而死于但马守刀下。段天涯为此在她坟前立誓终生不娶！而当段天涯付出云国调查献妃一案时，与但马守狭路相逢，此刻仇人见面，但马守自然不会放过这个机会，追杀段天涯，段天涯却被柳生但马守的小女儿柳生飘絮所救。原来飘絮当年早已爱上姊姊的爱人。飘絮三番四次不惜与父亲但马守反目，拯救段天涯的性命。段天涯禁不住将他对雪姬的爱，转移到飘絮身上。但马守老羞成怒，追杀天涯，却反而丧命。
段天涯则和飘絮结婚生子，辞官隐居于蛇岛。而一直喜欢天涯的海棠则黯然回京，此时，归海一刀向她表露爱意，原来他早已暗恋海棠多年。
于此同时，归海一刀得知三名杀父仇人的下落前往寻仇，怎知三名杀父仇人都在他跟前自尽。他再三追查，终得悉杀父者乃自小把他抚养成人、爱他如命的母亲。归海一刀如遭雷殛，他如何能报仇？再者，他为报父仇练成“雄霸天下”刀法，自己已像父亲般走火入魔，控制不了心底的魔性。而当时京中也发生了许多血案，而种种证据接指向一刀，一刀为了表示清白并铲除魔性，不惜自断右臂。
但恐怖血案并没有停止，连国舅及文华阁大学士也被杀，海棠心知一刀武功已失，摆明是敌人有意嫁祸给一刀及护龙山庄。曹正淳乘机发难，指责神侯失职，神侯请罪，自愿囚于天牢。曹正淳独揽大权，正想作反，幸神侯与四大密探合谋，设假死之局，骗倒曹正淳，把曹正淳诛灭。
曹正淳死后，护龙山庄独大，神侯此时才露出真面目，原来他老早不服先皇传位给儿子，而不传位给他，故而卧薪尝胆二十年，图谋篡位，而所有的人都是只是他的棋子，不管是亲情，婚姻抑或是感情，都成了他权力斗争的棋子………