有一个和我们所生存的的地方非常相似，充满了魔力的世界
在那里，到处都是战乱和灾荒
魔力，那是出现年幼的少女身上，随着年龄的增加渐渐消失的谜一般的力量
拥有那种力量的少女们不需要手就能移动东西，使之漂浮空中，还可以借由魔力生成领域来保护别人
被称为魔女的她们，受人尊敬，予人畏惧
但是那小小的力量终究无法安定下来
魔女从来不会走上历史的舞台，她们只会侍奉在当权者的左右，生存在阴影之中
然后到了18世纪，人类迎来了魔力的大革命
借由蒸汽机关对魔力进行增幅，使之成为全新的动力来源，人类的发展完成了跳跃性的一步。
魔女们成了各地的先驱者，带领魔力增幅机械的技术不断进步
增幅后的魔力为工厂提供了巨大的劳动力，就连其产品输送线路的维护也是依靠魔力进行
人类的版图开始飞速的扩大……
但是从那时侯开始，异形的生物就频繁的出现在人们的视野当中
这是一种从古代起就有过零零散散的遭遇记录的敌人，它们以魔力革命为契机，开始了大规模的活动
真实身份不明。活动目的不明。生存状况不明。这种因为其机械和生物融合的姿态而被人称作“内伍罗伊”的敌人不断地侵犯人类的领土。
它周身缠绕着普通人无法靠近的瘴气，令大地腐烂，然后像蝗虫一样将金属啃食殆尽。
一般的军队在“内伍罗伊”的面前不堪一击，难道人类的命运真的就到此为止了吗？
这时侯，有人提出了将魔女们投入战争的提议……

最近人们都在为了一个名为“世界毁灭委员会”组织被通缉的事闹得沸沸洋洋。
有一天，克里埃在街上遇到了被逃亡中的少女莫尔特，因为她正是“世界毁灭委员会”组织的一员！莫尔特告诉克里埃他的身上拥有毁灭这个世界的秘宝“デストラクト　コード”。
至此，他与有着毁灭世界的强烈意志的少女莫尔特等同伴一起，在旅程中，逐渐了解到世界的丑恶与美丽……
这个人类与兽人共生的世界，是该毁灭还是该拯救？