从东京都西部被分割出来的这座都市,{超能力开发}被列为学校课程的一部分.二百三十万人口中,中占八成的学生们每天都在{脑开发}互相竞争.事的主角[上条当麻]是学园里唯一的一个零能力者. 并非完全没有能力,他的能力是取消一切能力效果的无效化能力.能使用这种能力的,只局限于他的右手.他给自己的这种连上帝的奇迹都能抹杀的能力,取名为{幻想杀手}.某日,在家里的阳台上与神秘的少女相遇了,少女的名字叫做禁书目录……
掌握了数万究级魔法书的少女与拥有抹杀一切奇迹的上帝之手的少年.将演绎出什么样的故事呢?