在未来，生活在行星上的一些人类开发了类似NT的变化，他们被称为调整者[COORDINATOR]。很快，人们渐渐接受了调整者这一特殊的存在。 由于经济方面的压榨引起了行星上的调整者不满，在长期的计划后，由调整者行星组成的“Z.A.F.T”（扎夫特）和地球联邦的对立日渐明显，终于，在C.E70年2月11日，双方放弃了所有的外交努力，撕破脸皮开始军事行动，惨烈的宇宙战争由此爆发。
开战一年后，在中立的资源卫星国家赫立奥波利斯[ヘリオポリス]（属于奥布）上发生一场战斗，为了夺取“大西洋联邦”秘密研制的新型高性能机动战士“GUNDAM”，扎夫特军队机动战士部队突袭了地球联邦军。这个冒险的军事行动由于策划充分而且行动迅速，打的地球联邦军措手不及，抢走5台地球军的新武器——高达中的4台。
基拉和好友阿斯兰都是生活在行星上的调整者少年，他们从小住在一起，对未来有着同样的希望和梦想。后来阿斯兰加入扎夫特军队，成为一名机动战士驾驶员。在这次行动中，阿斯兰也是其中成员之一。而此时的基拉还是一名工业学校的学生，在扎夫特军的突袭下，为了保护身边的亲人和朋友，他趁乱登上未被抢走的“STRIKE GUNDAM”，开始踏上战争的征途.........