故事的主人翁是平凡的小学三年級学生高町奈叶，和经营咖啡館的父母，以及身为学生的哥哥和姐姐，还有关系良好的朋友們，一起過著非常普通的日常生活，卻在奇妙的际遇下和“異世界的少年”相逢。從此生活都改變了，如此的相遇让奈叶得到魔法的力量，她开始帮助異世界少年尋找散落在世界上的異世界的遺产“宝石之源”，並必須將其回收。在可以自由变身成小动物和人类的異世界少年的帮助下，奈叶凭自己的資质和意志將魔法之杖具現化。冯藉两种力量，來實現緊握在手中的人們的夢想，然而，為了防止伴隨而來的种种危险，所以必須要回收寶石之源，並在無人知曉的情況下守護周圍的和平。奈叶和異世界少年的柔和友情及羈絆。还有，與寶石之源相關各式各樣的人的種種形態互相接觸。原本应该是和家人以及朋友一起快樂生活的三年級学生，卻要無時無刻的過著，放学後休息時間裏秘密的魔法少女生活。在持續著這樣的日子裡，又出現了“和奈叶一樣擁有魔法少女資質的敵對勢力”，並且还出現了“关注著兩方戰鬥的第三勢力”，奈叶平穩的生活陷入大危機中！“所以我會盡可能地努力的...。为了將來不会后悔”高町奈叶，小学三年級学生。雖然沒有动神經，但憑著智慧與勇氣以及魔法的咒文和不輸于人的心境。高町奈叶，一定会努力的！