在一起旅行的小智一行人这次来到流传着「波导传说」的城市--罗塔市。位在城市中心的欧鲁德朗城堡里，正举办着庆典仪式，为了纪念数百年前为了停息战争而使用「世界的开始之树」力量的波导的勇者--亚伦。之后勇者是一年一度选拔的，而小智和皮卡丘也参加了这庆典。在打过激烈的神奇宝贝战斗后，胜利的小智便选为新的「波导的勇者」这时城堡中也为了庆祝小智的优胜而举办盛大的舞会。忽然就在此时出現梦幻！而梦幻带走皮卡丘后便消失得无影无踪。同一时间，在小智一行人面前出現了破解数百年封印的波導神奇宝贝--魯卡力歐！皮卡丘被带去哪裡？梦幻的目的又是什么？魯卡力欧不為人知的过去和波導傳說的秘密又是如何？在許許多多的謎中，小智一行人跟魯卡力歐前往「世界開始之樹」。于是，神奇宝贝史上最壮观的冒险就此开始！