在神秘的南极冰层里，发掘出星际之门建造者遗弃的基地。星际之门亚特兰蒂斯小队应召执行一次冒险性最大的星际之门任务——前往遥远的天马星系。亚特兰蒂斯小队遭遇古代人类文明的袭击...在新的一季中加入了许多新面孔，他们之中最引人注意的是Ronan Dex，一个为了捍卫自己的星球而与The Wraith抗争7年的天马星系人。还有地球最新型的银河战斗巡洋舰Daedalus--代达罗斯号的司令官，Steven Caldwell上校。