2004年度第二部根据士郎正宗的漫画改编的动画片，也是另一部将动画片推向极致的电影作品。与押井守的《攻壳机动队2》强调2D风格不同的是，《苹果核战记》完全将观众带入了栩栩如生的3D世界。两者处理的是相似的主题，但后者显然更注重娱乐，而且从开场便不遗余力地一酷到底。
　　公元2131年，一场非核大战让地球成为一片废墟。迪娜和外界失去了联系，一点也不知道战争已经结束，仍然在寻找敌人坚持战斗。战斗中迪娜被地方义体人包围，危急时刻她的前男友普里亚斯突然出现。还没弄清楚发生什么事，身中麻醉弹的迪娜便失去知觉。普里亚斯和美丽的瞳一起将迪娜带往神秘的乌托邦——奥林匹斯。
　　实际上，普里亚斯已经不属于完全的人类，他告诉了迪娜自己发生的一切：由于在北非前线受了一次重伤，他只有换掉所有被损毁的身体部分才能存活。也就是说，现在的普里亚斯是一个被义体化的电子人，他身体的75%都由机械构成。迪娜还发现奥林匹斯已经成为新世界的中心，这个新理想国由于政治真空正处于不稳状态。
　　迪娜很快成为这座平静的城市的最新一员，瞳坚持带她去了解这座城市的概貌。当迪娜看到市民随和满意的面容，她对这座城市的平静产生了怀疑。但是这种感觉很快被震惊所取代，瞳坦白地告诉她和平的真相：居住在奥林匹斯的模范居民大半都是克隆的改良人，瞳便是其中一员。克隆系统“Bioroid”就是为了造福人类，促进人类社会的稳定性。
　　当瞳和迪娜来到立法机构，她们看到了这个城市的运行机制：七贤老通过和超级电脑该亚的对话，以“意愿”的指令来控制着奥林匹斯的走向。在这种看似行之有效的办法下，改良人成为国家稳定的重点。七贤老正在进行一项秘密计划，这将大大影响人类的命运。军部中一股抵制改良人的势力也在崛起，而普里亚斯似乎也在帮助他们施行破坏。
　　为什么普里亚斯改变了看法？Bioroids系统可以信任吗？奥林匹斯是理想还是梦魇？人类和改良人能否共存？迪娜必须拿起武器，依靠自己来寻找答案。