称为木星蜥蜴的神秘敌人第一次袭击地球是在2195年，面对拥有压倒性力量的敌人，地球军束手无策，火星连同殖民地一起落入敌人手中。这就是“第一次火星会战”。
一年之后，为了夺回火星，民间组织尼尔加重工以最新的科技造出新型战舰NADESICO号，召集来的船员包括以年轻的女舰长御统百合香为首，她青梅竹马的朋友、身兼厨师和机师的天河明人，以及其他船员。虽然每人都各有所长，但人格和来历都有一点问题。

在战斗变得白热化之际，一个重大的真相被揭发了，敌人原来是100年前被放逐到木星的地球人子孙。他们想得到能够令其运用来往行星间的瞬间移动技术——玻色子跳跃的火星遗迹。

跟木连的和谈以失败告终，为了争夺火星的遗迹，NADESICO、木连和尼尔加重工的三方混战开始了，到此为止，是地球跟木连战斗的历史。后来，地球和木连结盟，宇宙总算恢复和平。

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