《初音岛2》的故事发生在前作《D.C.～Da·Capo～》的53年后(在作品中虽没明确言及，不过在各媒体明确表示是2055年，故事中的日期2055年及2056年的东西也相符)，仍旧以初音岛为故事舞台，描写前作的朝仓音梦结束后的世界，前作中枯萎了的“从不枯萎的樱花”在本篇的数年前开始再次盛开，而且不再枯萎。冬去春来，与前作的登场人物同姓的许多角色出现……由于游戏版的《初音岛2》大量地起用了新人声优，相信此次改编的TV动画也会大换血。