「Frontier」船团迎来了出身于邻近船团「Macross・Galaxy」的偶像歌手「雪莉尔・诺姆」的演唱会。雪莉尔是在银河网络流行歌曲排行榜上长期占据榜首的顶尖偶像。而有个女孩子则一直憧憬着那样的雪莉尔，她的名字叫兰花・李，是个在中餐店里打工的非常平凡的高中女生，家里的亲人只有一个年龄相差很大的哥哥奥兹玛。
奥兹玛是领军方特种部队SMS中负责率领女武神战斗机部队的精锐飞行员。但是怕妹妹担心的他一直对兰花隐瞒着自己高危险的战斗机飞行员的工作。

在兰花急匆匆的赶往自己期待已久的雪莉尔演唱会的途中，她与飞行员培养学校的高中生「早乙女・阿尔特」邂逅了。这是一段在高中生活中随处可见的相遇……

但在那时，「Frontier」突然遭遇了未知的敌人。而对方既不是地球人也不是异星人，是谜一般的宇宙生物。新・统合军部隊不断遭受损失，敌人拥有连军队的VF部队也深为忌惮的攻击能力。但接着市民的居住区也遭到了宇宙生物的入侵，为了解决危机，奥兹玛率领的SMS的VF-25部队出动了……

到底这些宇宙生物有多少？它们有什么能力？它们的目的又是什么呢？然后，人类又会作出怎样的选择呢……？！