故事講述一個跨越千年的故事。
一位懂「法術」的、以表演人偶為生的青年國崎往人，一天來到一個海邊小鎮，遇上了主角的神尾觀鈴而展開的故事。國崎往人和他的祖先們一直都在找一位在天空中有翼的女孩子，而在和觀鈴一路相處之下，観鈴可能就是他要尋找的女孩子。
在古日本有位背上長上一對翅膀的女孩子（稱為翼人）神奈備命，給人視為不詳的象徵所以被人軟禁著。後來遇上了被派來「保護」她的柳也，和女官裏葉一起去尋找母親（八百比丘尼）。可惜最後母女兩人也被人殺死，神奈是在空中給人亂箭射死。可是死後她沒有掉下來，而是在空中飄浮著，並且受到詛咒，墮入無限的輪迴。裏葉和柳也為了幫助神奈，決定為了神奈，要誕下後代來替自己完成心願。1000年後也就變成了翼人傳說。故事的重心是「家族愛」（親情）。

角色介紹
國崎往人（国崎 往人（くにさき ゆきと）
男主角（遊戲中可以更改名字），背負著傳承了近1000年的使命：尋找並解救「天空中的女孩」。他從母親身上學到操縱玩偶的特殊能力，以表演玩偶為生，四處旅行。在一個海邊小鎮上認識了神尾觀鈴並且暫時寄宿在她家。喜歡吃的食物是拉麵套餐。最終獻出自身以完成拯救神奈靈魂的使命。

神尾觀鈴（神尾 観鈴（かみお みすず）
國崎往人在海邊小鎮的堤防上遇到的第一位女孩。與母親神尾晴子相依為命。性格開朗樂觀，希望與人交朋友，代替忙於工作的晴子處理一切家務事。酷愛恐龍,小時候曾把小雞當成恐龍的孩子，經常模仿恐龍的叫聲「嘎哦」。

霧島佳乃（霧島 佳乃（きりしま かの）
國崎往人在橋上遇到的第二位女孩。右手上繫著黃色絲帶的開朗少女，她相信這樣長大後就能使用魔法了。雙親已逝，跟著姊姊霧島聖住在診療所內。自封為「閒閒星人」。是學校的飼育員，跟流浪狗「土豆」十分友好，聽得懂牠說的話。

遠野美凪（遠野 美凪（とおの みなぎ）
國崎往人在舊車站遇到的第三位女孩。十分害羞、善良又擁有母性愛的少女。非常能吃，身上隨時準備著米券。十分擅長料理及裁縫，學習成績拔尖，還是學校天文部的部長，不過這個天文部只有她一個人，她說那叫「少數精英」。與小滿關係親密，經常為小滿做便當。

小空（TV版譯作小天）
觀鈴撿回來的烏鴉，從DREAM篇開始住在神尾家。 AIR篇是以其觀點來看整個故事。原因是因為男主角將"如果時間能重來一次，他一定會一直陪伴觀鈴"的願望寄向人偶，於是回到前一世代的邂逅，在往人不在的時候以烏鴉的身份陪伴觀鈴。

神奈備命（神奈備命（かんなびのみこと）
1000年前平安時代正歷末期最後的「翼人」。自稱詞常用古代男性的「余」一辭來稱呼自己。居住在社殿中，事實上是被軟禁了。在逃出靈山的過程中為保護柳也而犧牲。

柳也（柳也（りゅうや）
被派去守護、監督翼人的隨侍，職位是衛門正八位大志，因為看不下去神奈的遭遇而決心帶她前去尋找母親，最後和裏葉結婚，成了國崎往人的祖先。

裏葉（裏葉（うらは）
神奈備命的女官，最後和柳也成為夫婦，因練有法術而世代傳承下來，國崎往人的能力便是來自於此。