小智和小遥继续在路上走着，小遥为了抓一只玛利露而使火稚鸡受伤，他们在往神奇宝贝中心的时候，碰到了研究古代神奇宝贝的梅兹教授和古代遗迹。这时，火岩队绑架了梅兹教授，打开了古代遗迹。小智他们赶到，火岩对已经逃走，这时，他们来到了古代遗迹下的地下水脉，看到了古代神奇宝贝——古空棘鱼。