故事描述人类虽能将神秘的外星生物“迦姆”的势力逐出地球，但双方的攻防战却延伸到了另一颗菲雅利行星上，完全没有任何停止的迹象。而身为主角的深井零少尉为战术战斗电子侦察机 SUPER SYLPH雪风”的驾驶员，受命搜集战场上的战术情报。就这样，围绕在菲雅利行星上人类与迦姆的战斗，也将逐渐改变零的未来……

33年前，JAM使用通路突然袭击地球，后来经过很多次战斗，地球军成功地将JAM打退。

在一次任务结束后，零准备驾驶雪风返回。途中遭遇未知战机Sylph，在雪风的判断下零认为是JAM，并将其击落，但在爆炸的波及下使零受了伤……

在修养期间，杰克免除了零的飞行任务，并为零的复出开了个小宴会，在酒醉的睡梦中，零看到了一些陌生的景象……

零接到调查Sylph的任务，但在任务中转入了战斗，不单受到攻击，系统更被JAM入侵，但最后还是躲过了死亡，返回基地。为了不让雪风落在JAM手上，杰克要求以无人战机FRX代替雪风，但遭到零的反对，在吵架后零不快离去。

为了查明真相，零与伙伴私自驾驶雪风出去，但后来被击落，并与基地中断了联系……此事让杰克很焦急，冒着上军事法庭的危险，带同FRX一起出发展开搜索。

在零醒后被告知在一个前线基地，一个神秘军人以修好雪风为借口向零套取雪风的登录密码。当零得到雪风的警示后，立刻做出反抗，并逃离了JAM制造的数据空间。但却遭到JAM的追击，雪风再次被击落……

在零绝望时，雪风控制FRX前来相救，并将数据都转移到FRX上，在弹出零后，FRX将“雪风”击毁……而零，则昏迷在荒漠中……