《越狱》第2季的结局已经为第3季埋下逃狱伏笔：特工金姆在巴拿马找到了迈克尔兄弟，正欲下手，幸亏在美国成功脱罪的萨拉及时出现，开枪击毙金姆。没料想，巴拿马警察早就埋伏在四周，迈克尔兄弟不得不再度分离。迈克尔毅然替萨拉顶罪，被关进巴拿马超级监狱Sona。而与他一同坐牢的，还有遭女总统用完即弃的联邦密探马洪、娈童逃犯T-Bag和前狱卒队长巴利克。

[第3季]：充斥五大变数

变数一：迈克尔马洪结盟？
　　没有事先一系列的精心准备，更没有文身密码图，迈克尔如何能逃出生天呢？幸好，他不是一个人在战斗。除了在监狱外哥哥林肯会竭尽全力，还有新增的狱友马洪，“神经质的马洪和潜在抑郁症的迈克尔，两个超级聪明，但又是仇人的人一起在巴拿马的监狱，然后一起越狱，有看头呀！”剧迷已经开始期待新的迈克尔马洪二人组。

变数二：入狱是公司圈套？
　　一直迫害迈克尔兄弟的神秘公司的势力将延伸到巴拿马。迈克尔还没有被投进巴拿马监狱之前，公司幕后的那个老头(blog)，就在和手下的对话中数次提到了Sona这个词，由此可见，这个监狱和他们的利益息息相关，就此，剧迷们大胆推测，迈克尔被关进监狱其实正是公司设计的圈套，这里关押着公司感兴趣的人，他们要利用迈克尔的越狱智慧，希望借助迈克尔的力量协助此人越狱，当然迈克尔也能因此得到他急切需要的东西———美国政府的赦免。

变数三：有情人难成眷属？
　　除了越狱这条线索，迈克尔和萨拉能否终成眷属也牵动剧迷。由于萨拉的扮演者歌莉丝有孕在身，婴儿预计在今年暑假出世，很多剧迷都担心她未必赶得及参加拍摄第3季。不过，该剧制片人也透露，今年秋天，将有一个重要主演归队，剧迷只能祈祷这个主演就是萨拉。不过美国电视剧不乏这样的先例，因为没有续签合约，演员退出剧组，其所扮演的人物从此消失，究竟这种的事情会不会发生在萨拉身上，现在还难下结论。另据制片方透露，新季中加入另一女主角，此女的智商绝对不下于迈克尔，还有机会跟林肯发展感情。

变数四：迈克尔兄弟谁先死？
　　林肯和迈克尔这对兄弟将只能存活一人，另外一个将在第3季中死去。如果这一消息属实，无疑将比迈克尔和萨拉的恋情中断更让人难以接受。公司在第2季已经埋下伏笔，迈克尔兄弟他们只会留下一人性命。如果迈克尔最后死了，那么越狱将在第3季终结，而如果林肯死了，那么迈克尔与公司抗争的意义又何在？

变数五：两配角死而复生？
　　保罗·凯勒曼和苏克雷能否死而复生。凯勒曼，这位被剧迷昵称为“可乐门”的FBI前特工，改邪归正，帮助萨拉洗脱罪名，在被押送的路途中，遭遇伏击。由于没有表现凯勒曼中弹的镜头，不少剧迷都推断，他很有可能逃出生天，而这个人物已经成为继T-BAG之后，第二个《越狱》系列里受人喜爱的反角。至于超级痴心男苏克雷，剧迷们更是不相信他会从此消失，因此有人分析，为了找到女友，他必须救出前狱卒队长巴利克，而巴利克也在巴拿马的监狱里，这对于失血过多又无计可施的苏克雷无疑难于登天。